Do najważniejszych, założonych przez Kiszkę ośrodków braci polskich należały: Węgrów, Iwie, Łosk, Lubcz, Nowogródek i Kiejdany.
Kiszka sprzeciwiał się jednak radykalnym poglądom braci polskich, takim jak pacyfizm chrześcijański, wspólnota dóbr i zakaz piastowania urzędów. Był także przeciwny sympatiom dla judaizmu ze strony części braci polskich. Z tego powodu wygnał Piotra z Goniądza i Szymona Budnego oraz ich zwolenników, a także nakazał spalenie ich pism. Niepokoił się także różnicami doktrynalnymi między litewskimi i polskimi wspólnotami braci polskich i starał się je załagodzić podczas synodu w Iwach.
W 1575 Kiszka ożenił się z katoliczką – księżną Elżbietą Ostrogską (córką księcia Konstantego Wasyla Ostrogskiego, stryjeczną siostrą Elżbiety Halszki Ostrogskiej), jednak to małżeństwo pozostało bezdzietne. Po śmierci Jana Kiszki, jego wdowa wyszła ponownie za mąż za księcia Krzysztofa Radziwiłła „Pioruna”, który jako gorliwy wyznawca kalwinizmu, przekazał wszystkie zbory ariańskie pastorom kalwińskim. Od 1607 brat Kiszki – Stanisław przyjął katolicyzm i rozpoczął rekatolicyzację w swoich majątkach.