27 września 1999..
Do nowych rozgrywek Bakero przystąpił już formalnie jako pierwszy trener Puebli. Jego podopieczni wygrali pierwszy mecz sezonu, lecz następnie nie zdołali zwyciężyć w siedmiu kolejkach z rzędu, wobec czego kibice głośno domagali się zwolnienia szkoleniowcaPalencia anota y Cruz Azul gana; El Informador, str. 3-C; 23 września 1999.. Również piłkarze skarżyli się właścicielowi klubu Francisco Bernatowi na złe traktowanie przez BakeroDavid Medrano Félix: Futbol de estufa; El Informador, str. 3-C; 5 października 1999.. Ostatecznie Hiszpan został zwolniony we wrześniu 1999Bakero, cesado; El Informador, str. 1-C; 30 września 1999.. Pomimo bardzo kiepskich rezultatów Bakero był jednym z najlepiej opłacanych trenerów ligi meksykańskiej; media donosiły, że za niecałe pół roku pracy w Puebli otrzymał półtora miliona dolarów wynagrodzenia oraz odszkodowanie za rozwiązanie kontraktuA propósito...; El Informador, str. 3-C; 2 października 1999.. Na stanowisku trenera Puebli zastąpił go Mario Carrillo, dotychczasowy asystent Manuela Lapuente w reprezentacji Meksyku, który od razu znacznie poprawił wyniki drużynyJaime García Elías: A propósito...; El Informador, str. 4-C;