Został odwołany ze stanowiska pierwszego trenera po pięciu kolejkach ekstraklasy sezonu 2010/2011, w których zdobył 10 punktów.
Od 3 listopada 2010 pełnił funkcję trenera Lecha Poznań. W swoim debiucie na ławce trenerskiej poprowadził zespół z Poznania do zwycięstwa 3:1 nad Manchesterem City w rozgrywkach Ligi EuropyCudowny debiut Bakero. Lech Poznań był pierwszym klubem w jego karierze trenerskiej, w którym utrzymywał swoją pozycję przez okres dłuższy niż jeden rok. 25 lutego 2012 roku, po porażce Lecha z Ruchem Chorzów (0:3), został odwołany z funkcji pierwszego trenera drużynyJose Mari Bakero odwołany z funkcji trenera.
Juan Aurich 21 grudnia 2012 został szkoleniowcem peruwiańskiego klubu Juan AurichJosé Mari Bakero dirigirá al Juan Áurich. Został zwolniony 7 września 2013 po serii siedmiu spotkań bez zwycięstwa z rzędu i szybkim odpadnięciu z rozgrywek Copa SudamericanaJuan Aurich rescindió el contrato del técnico español José Mari Bakero.
Kariera działacza
Deportivo La Guaira
W lipcu 2015 roku został zatrudniony na stanowisku dyrektora sportowego w wenezuelskim klubie Deportivo La Guaira w którym pracował do sezonu 2016/17.
Powrót do Barcelony