Szpital Wyznania Mojżeszowego w stolicy, gdzie Jakub działał przez wiele lat jako członek Rady Opiekuńczej. Był także jednym z głównych inicjatorów budowy tzw. Starej Niemieckiej Synagogi na ul. Daniłowiczowskiej w Warszawie, którą wystawiono w 1802 r. Po wycofaniu wojsk pruskich z Warszawy Epstein działał nadal jako liwerant, tym razem dla armii Księstwa Warszawskiego i później Królestwa Kongresowego i rosyjskiej, co powiększyło majątek rodzinny i umożliwiło dwóm z jego synów otwarcie własnych banków.
Szalenie hojny dla ubogich, Epstein wspierał wszystkich proszących o pomoc, bez różnicy wyznania. Epstein był także aktywnym wolnomularzem, członkiem lóż Rycerze Gwiazdy i Bracia Zjednoczeni.
Jakub Epstein został pochowany na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie (kwatera 1, rząd 6)Grób Jakuba Epsteina w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie.. Okazały grobowiec zachował się do dziś dnia.
Żonaty z Henriettą z Glicksonów (1780-1849), miał czterech synów, Adama, Hermana, Jana i Józefa, którzy odegrali ważną rolę w życiu ekonomicznym Kongresówki. Miał także córkę Wilhelminę (1808-1872).