W roku 1994 nastąpił kryzys przemysłu górniczego w regionie, który był głównym źródłem finansowania miejscowych klubów sportowych. Z tego powodu klub popadł w tarapaty finansowe, które doprowadziły do spadku z drugiej ligi, a w końcu do rozwiązania klubu. Reaktywacja nastąpiła kilka lat później, a przeprowadził ją nowy prezes klubu Bernardo Ulloa. Lota Schwager jako klub amatorski wkrótce zaczął występować w trzeciej lidze chilijskiej (Tercera división chilena). Do drugiej ligi klub awansował po wygraniu trzeciej ligi w roku 2001 pod kierownictwem trenera Eduardo Apablazy.
W roku 2006 klub uzyskał prawo gry w barażach o awans do pierwszej ligi. Z klubem CSD Rangers po przegraniu na wyjeździe 1:2 Lota Schwager wygrał u siebie w identycznym stosunku. Jak w wielu innych południowoamerykańskich rozgrywkach dogrywki nie było i od razu przystąpiono do rzutów karnych, które w stosunku 4:3 wygrał klub Lota Schwager i po 18 latach wrócił do pierwszej ligi.