Oficjalne ogłoszenie składu załogi oraz jej prezentacja odbyły się podczas konferencji prasowej na dzień przed startem.
Podstawowa Jing Haipeng (2) – dowódca Liu Wang (1) Liu Yang (1)
Rezerwowa Nie Haisheng (2) – dowódca Zhang Xiaoguang (1) Wang Yaping (1)
Przygotowania do startu 9.04.2012 – Statek Shenzhou 9 został dostarczony na kosmodrom (Centrum Startowe Satelitów Jiuquan). 9.05.2012 – Dostarczono na kosmodrom rakietę nośną Chang Zheng 2F. 9.06.2012 – Rakieta została ustawiona na stanowisku startowym nr 921. 15.06.2012 – Na konferencji prasowej oficjalnie ogłoszono datę startu i skład załogi; rozpoczęto tankowanie rakiety.
Przebieg lotu 16.06.2012 – Start o godz. 10:37 UTC. 18.06.2012 – Shenzhou 9 połączył się automatycznie z modułem Tiangong 1. Po około 3 godzinach załoga przeszła na jego pokład. 24.06.2012 – Shenzhou 9 odcumował od modułu Tiangong 1, oddalił się na odległość ok. 300 m, a następnie przeprowadzono ponowne cumowanie, tym razem w trybie ręcznym. 28.06.2012 – Shenzhou 9 ostatecznie odcumował od modułu Tiangong 1 przygotowując się do powrotu na Ziemię. 29.06.2012 – Kabina załogowa statku Shenzhou 9 wylądowała