Zwierzchnikiem Kościoła Prawosławnego Czech i Słowacji (noszącym tytuł Metropolity Ziem Czeskich i Słowacji) jest od 2014 arcybiskup Rościsław, ordynariusz eparchii preszowskiej. Obecnie cerkiew prawosławna w Czechach i na Słowacji liczy w czterech eparchiach 249 parafii i ok. 100 tys. wiernych, z czego ok. 70 tys. na Słowacji. Funkcjonuje 8 monasterów (4 męskie i 4 żeńskie), z czego tylko jeden na Słowacji (w Komárnie). Językiem liturgicznym jest cerkiewnosłowiański, coraz częstsze staje się używanie w liturgii języków czeskiego i słowackiego.
Zwierzchnicy Biskup Imię świeckie Okres Tytuł UwagiGorazd II Matěj Pavlík1921–1942biskup Czech, Moraw i Śląskajurysdykcja Patriarchatu SerbiiSawwacjuszAntonín Jindřich Brabec1923–1948arcybiskup Pragi i Czechosłowacjijurysdykcja Patriarchatu KonstantynopolaEleuteriuszWieniamin Woroncow1946–1955arcybiskup metropolita Pragi i Czechosłowacji jurysdykcja Patriarchatu Moskwy (do 1951)Jan Michaił Kuchtin1956–1964arcybiskup metropolita Pragi i CzechosłowacjiKościół Prawosławny CzechosłowacjiDoroteuszDimitrij Filip1964–1999arcybiskup metropolita Pragi i CzechosłowacjiKościół Prawosławny Czechosłowacji (do 1993)MikołajMikuláš Kocvár2000–2006arcybiskup PreszowaKościół Prawosławny Ziem Czeskich i SłowacjiKrzysztofRadim Pulec2006–2013Po rezygnacji metropolity Krzysztofa obowiązki zwierzchnika