W późniejszym okresie na terenie Czech i dzisiejszej Słowacji upowszechnił się obrządek łaciński, a obrządek bizantyjski obecny był jedynie w rejonie Preszowa i na Zakarpaciu, gdzie jednak od XVII w. większość wiernych znalazła się w unii z Rzymem.
W 1863 grupa czeskich polityków założyła w Pradze wspólnotę prawosławną, która przyjęła jurysdykcję metropolity czerniowieckiego. Jej patronem był św. Mikołaj, zaś jurysdykcyjnie stanowiła ona filię parafii przy cerkwi poselstwa rosyjskiego w Wiedniu. Na początku I wojny światowej wspólnota ta została zdelegalizowana przez władze Austro-Węgier jako organizacja niebezpieczna dla państwa. Jej członkowie byli prześladowani. Przetrwała jednak i wznowiła działalność w 1919, zaś w 1922 została uznana przez władze czechosłowackie.
Kościół Prawosławny w Czechosłowacji Powstanie Kościoła Prawosławnego w Czechosłowacji związane było z kryzysem jaki dotknął Kościół katolicki w tym kraju po I wojnie światowej oraz z niezadowoleniem społecznym przejawiającym się w ruchu Precz od Wiednia i od Rzymu. Na fali krytyki rzymskokatolickiego episkopatu Czech przez grupę modernistycznych księży doszło w 1920 do schizmy, która doprowadziła do utworzenia narodowego Kościoła Czechosłowackiego.