Do wybuchu I wojny światowej z braku funduszy nie udało się w pełni wyposażyć wnętrza, zrezygnowano też z hełmu wieńczącego wieżę. Ten etap budowy zakończył się w 1938 r. We wrześniu 1939 poważniej zniszczona została tylko kaplica Najświętszej Marii Panny, jednak podczas powstania warszawskiego w 1944 gmach został mocno uszkodzony, stracił niemal całe wyposażenie, w tym witraże autorstwa H. Bardzińskiej, będące darem kresowiaków, oraz dachy. W czasie wojny spłonęła również drewniana dzwonnica, w której wisiały dzwony przeznaczone do umieszczenia w planowanej Świątyni Opatrzności Bożej. W wyniku uszkodzeń wojennych Kaplicę Kresową przebudowano w Kaplicę Pana Jezusa.
W 1946 roku kościół prowizorycznie zabezpieczono i konsekrowano. Najpierw odbudowano organy, następnie odrestaurowano cztery ołtarze i odnowiono tynki. Pracami restauracyjnymi kierował od strony artystycznej Jan Zachwatowicz, a od strony kościelnej ks. inf. Stanisław Mystkowski. W tym czasie prezbiterium ozdobiono freskami projektu Lecha Grześkiewicza. Większość odbudowy zakończono w latach 50. XX w., a 24 września 1960 r. (49. rocznica wmurowania kamienia węgielnego) kościół ponownie konsekrowano, tym razem przez kardynała Stefana Wyszyńskiego.
W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.