1939–1989 Niemcy w czasie II wojny światowej na terenie twierdzy utworzyli magazyny Kriegsmarine, koszary oraz szpital polowy. W czasie szturmu na Gdańsk wojsk radzieckich w marcu 1945 roku została ona mocno zniszczona. Działalność rabunkowa tuż po wojnie oraz skutki sztormów spowodowały kolejne zniszczenia opuszczonego obiektu – szczególnie ucierpiały kamieniczki oficerskie, koszary, mury i wieża.
Do 1955 roku twierdza podlegała Zarządowi Portu Gdańskiego. W 1955 roku została przekazana konserwatorom, a w 1959 roku wpisana do rejestru zabytków. W połowie lat 50. rozpoczęto prace mające na celu rewitalizację obiektu. Zrekonstruowano mury latarni do wysokości gzymsu, a także zbudowano żelbetonowe stropy i schody. W latach 60. odgruzowano obiekt i rozebrano część murów, grożących zawaleniem, dachy pokryto blachą, wzmocniono stropy i sklepienia nad parterem, odbudowano koszary, a także rozebrano trzecią kondygnację Wieńca, która została zniszczona jeszcze w czasie II wojny światowej.