Kaplica Ginori Nad wejściem do Kaplicy Ginori znajdują się organy z 1586, dzieło Onofrio Zeffirini z Cortony. Kaplica ta została ufundowana przez hrabiego Ginori. Neoklasycystyczne wnętrze zaprojektował w 1939 Guido Morozzi. W ołtarzu tej kaplicy znajduje się kopia ceramiki Andrea della Robbia Madonna kontemplującej Dzieciątko. Oryginał znajduje się we Florenckim Bargello.

Kaplica relikwii Po lewej stronie nawy głównej znajduje się tzw. Kaplica relikwii z 1635, gdzie przechowywane są przedmioty, których używał św. Franciszek z Asyżu (chustka, talerz, kubek, sznurek cingulum, dyscyplina). W samym centrum ustawiona jest relikwia krwi Franciszka. Pod loggią odnowioną po II wojnie światowej, znajduje się brązowa kopia dzieła hiszpańskiego malarza Murilla Franciszek obejmujący krzyż. Autorem kopii był Vincenzo Rosignoli, jest ona darem z 1888 papieża Leona XIII. Ten sam artysta jest autorem rzeźby przedstawiającej św. Franciszka z chłopcem z 1903, która stoi przed wejściem do bazyliki.

thumb|200px|Kaplica Piety, ceramika Santiego Buglioniego