Życie prywatne 5 lipca 2003 poślubił aktorkę Heather McComb. W kwietniu 2009 doszło do separacji, rozwód został sfinalizowany 3 czerwca 2010. 1 sierpnia 2010 w Kabbalah Center w Tel Awiwie w Izraelu zawarł związek małżeński z konsultantką biznesową Kimberly Brook, z którą miał sześcioro dzieci.
31 sierpnia 2023 u Van Der Beeka zdiagnozowano raka jelita grubego; swoją diagnozę podał do publicznej wiadomości dopiero w listopadzie 2024.
Zmarł 11 lutego 2026 w Austin w Teksasie w wieku 48 lat.
Filmografia Filmy fabularne 1995: Angus jako Rick Sandford 1998: Czas zbiorów (Harvest) jako James Peterson 1999: Luz Blues (Varsity Blues) jako Jonathon ‘Mox’ Moxon 2000: Straszny film (Scary Movie) jako Dawson Leery 2001: Strażnicy Teksasu (Texas Rangers) jako Lincoln Rogers Dunnison 2001: Jay i Cichy Bob kontratakują (Jay and Silent Bob Strike Back) – w roli samego siebie 2002: Żyć szybko, umierać młodo (The Rules of Attraction) jako Sean Bateman 2003: Laputa – podniebny zamek jako Pazu (głos) 2006: Mordercza zaraza (The Plague) jako Tom Russel 2009 Porwanie w biały dzień (Taken in Broad Daylight, TV) jako Tony Zappa