Analiza filogenetyczna przeprowadzona przez Boyda (2015), mająca na celu ustalenie pozycji filogenetycznej parksozaura i innych dinozaurów tradycyjnie zaliczanych do Hypsilophodontidae nie potwierdziła jego przynależności do ornitopodów. Z przeprowadzonej przez Boyda analizy wynika, że najbliższymi znanymi krewnymi rodzaju Parksosaurus są Thescelosaurus oraz południowoamerykańskie rodzaje Talenkauen, Notohypsilophodon i Macrogryphosaurus. Klad obejmujący Parksosaurus i jego czterech najbliższych krewnych jest z kolei siostrzany do kladu obejmującego rodzaje Changchunsaurus i Haya. Klad obejmujący siedem wyżej wymienionych rodzajów (przez Boyda nazywany Thescelosaurinae) jest siostrzany do podrodziny Orodrominae, obejmującej według analizy Boyda rodzaje Orodromeus, Zephyrosaurus, Oryctodromeus i Koreanosaurus. Podrodziny Thescelosaurinae i Orodrominae razem tworzą rodzinę Parksosauridae, która według analizy Boyda jest siostrzana do kladu Cerapoda obejmującego ornitopody i marginocefale (tj. ceratopsy i pachycefalozaury).