Aniela Orawiec-Stapińska) pensjonacie Marluan w Poroninie stanowiącym punkt przerzutowy Związku Walki Zbrojnej, gdzie wkrótce został aresztowany przez GestapoJedna wersja mówi, że został wydany przez słowacką wieśniaczkę, zaś inna, że donos złożył cukiernik zatrudniony w restauracji rodziny Orawców działającej w pensjonacie., a wraz z nim Helena i Bronisław Orawcowie (w wyniku starań rodziny później uwolnieni)Po wojnie Franciszek Gajowniczek utrzymywał kontakt z rodziną Orawców, w 1975 był świadkiem na ślubie wnuczki Bronisława Orawca, a córki Bronisławy Orawiec-Löffler, Anity z Janem Oszostowiczem. .
Uwięzienie thumb|Franciszek Gajowniczek na fotografiach z kartoteki obozu KL Auschwitz thumb|Grób Franciszka Gajowniczka na cmentarzu zakonnym w Niepokalanowie Został osadzony w zakopiańskim Palace, a następnie w więzieniu w Tarnowie. Od 8 września 1940 do 25 października 1944 był więźniem obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau (numer obozowy 5659). W okresie trwających prac żniwnych 29 lipca 1941 zbiegł jeden z więźniów z bloku nr 14, na którym przebywał Gajowniczek. Jako represję za ucieczkę więźnia władze obozu zarządziły tzw. wybiórkę – wskazanie dziesięciu osadzonych z tego samego bloku na śmierć. Jednym z wybranych do celi głodowej został Gajowniczek. Wówczas za niego zgłosił się zakonnik franciszkański o.