Ostatni raz jako naczelny wódz armii wystąpił w maju 1649 roku podczas tłumienia ruchu Wyrównywaczy (Levellers) w Burford. Gdy w roku 1650 Szkoci opowiedzieli się po stronie Karola II i Anglii zagroziła kolejna inwazja, Fairfax zrezygnował z naczelnego dowództwa. Na jego miejsce naczelnym wodzem został Oliver Cromwell.
Restauracja królestwa Fairfax otrzymał za swe zasługi roczną rentę w wysokości 5 tysięcy funtów szterlingów, po czym aż do śmierci Cromwella odpoczywał w swoim domu w hrabstwie Yorkshire w Nunappleton. Problemy państwa zmusiły wkrótce lorda Fairfaxa do porzucenia domowego zacisza i wznowienia swej aktywności politycznej. George Monck zaproponował mu wkrótce pomoc w przedsięwzięciach podjętych przeciwko armii Johna Lamberta. W grudniu 1659 samo pojawienie się Fairfaxa w Yorkshire spowodowało, że 1200 jazdy opuściło barwy Lamberta i dołączyło do Fairfaxa. Wkrótce pozycja Lamberta uległa całkowitemu załamaniu, co otworzyło drogę do odtworzenia monarchii brytyjskiej. Wkrótce zwołano Parlament, a reprezentujący Yorkshire Fairfax został wyznaczony przez Izbę Gmin (House of Commons) na przewodniczącego komisji oczekującej na Karola II.