W RKC Gudjonsson rozpoczął sezon 2001/2002, ale jeszcze we wrześniu trafił do hiszpańskiego Realu Betis. W Primera División zadebiutował 3 października w zremisowanym 0:0 meczu z Athletic Bilbao. W lidze rozegrał jednak zaledwie 11 meczów i w rundzie zimowej sezonu 2002/2003 był już graczem Aston Villi. W Premiership zadebiutował 28 stycznia w wygranym 5:2 wyjazdowym meczu z Middlesbrough F.C., w którym zdobył jednego z goli. W Aston Villi rozegrał łącznie 11 meczów i zdobył 2 bramki, zajmując z nią 16. miejsce w lidze. W sezonie 2003/2004 Joey grał w Wolverhampton Wanderers, z którym spadł z ligi, a w lidze pojawiał się sporadycznie jako rezerwowy. Sezony 2004/2005 oraz 2005/2006 Gudjonsson spędził w Leicester City, z którym rywalizował w Football League Championship. Latem 2006 powrócił na holenderskie boiska i miał decydować o sile ofensywnej AZ Alkmaar, ale nie wywalczył w nim miejsca w wyjściowej jedenastce i po pół roku wrócił do Anglii. Rundę wiosenną spędził w Burnley F.C. Przez trzy sezony był podstawowym piłkarzem Burnley i w sezonie 2009/10 stracił miejsce w podstawowym składzie.