Przed wojną Maria Ludwika zabezpieczyła jak mogła najcenniejsze obiekty ze zbiorów gołuchowskich (których w imieniu nieletniego Władysława była kuratorką), wywożąc je do Warszawy. Zamurowała je w piwnicy domu przy Kredytowej 12, jednak Niemcy jednak zorientowali się, że to ona musiała je wywieźć z majątku. Wydała skarby pod groźbą wysłania z najmłodszymi dziećmi do obozu koncentracyjnego. Skarby zostały przeniesione do Muzeum Narodowego w Warszawie, skąd wywieziono je do Niemiec. Zbiory krakowskie już po śmierci Adama Ludwika przeszły na następnego ordynata, Augustyna.
Po wojnie Po 1945 Maria Ludwika starała się zabezpieczyć pozostałości majątku. Udało się utrzymać zasadę własności Muzeum i Biblioteki Czartoryskich w Krakowie, ale państwo objęło je opieką. Maria Ludwika wyznaczyła kuzyna męża, Włodzimierza Czartoryskiego, na kuratora właściciela, którym był wtedy nieletni syn Augustyna, Adam Karol, mieszkający w Hiszpanii.
Starała się utrzymać własność kamienic w Warszawie, szczególnie kamienicę w stylu eklektycznym na rogu Krakowskiego Przedmieścia i ul. Królewskiej, która cudem ocalała. Władze miasta jednak ją rozebrały (na jej miejscu powstał w latach 50. XX w. budynek wojskowy).