Natomiast Almonte miał przekonać Santa Annę by ten wypuścił panią Dickinson i jej córkę, jako posłańca klęski Teksańczyków. Almonte wysłał też osobistego kucharza Bena, by jej towarzyszył.
21 kwietnia 1836, w bitwie pod San Jacinto, Almonte dowodził batalionem Guerrero. Prowadził ostatni zorganizowany opór spanikowanej armii. Widząc klęskę poddał się teksańskiemu oddziałowi dowodzonemu przez Thomasa J. Ruska. W czasie pobytu w niewoli Almonte towarzyszył Santa Annie, który został wzięty do niewoli następnego dnia po bitwie pod San Jacinto. Almonte często służył jako tłumacz, gdyż znał bardzo dobrze język angielski. Santa Anna, Almonte i kilku innych oficerów przebywało w więzieniu na wyspie Galveston, a następnie w posiadłości dr Phelpsa w Orizambo. W lecie 1836 odkryto przygotowania do ucieczki Almonte i Santa Anny. Gdy odkryto te plany, Almonte i Santa Anna zmuszeni zostali do noszenia ciężkiej kuli na łańcuchu. Kule zdjęto po 52 dniach. Następnie, dzięki wysiłkom Stephena Austina i Sama Houstona Santa Anna, Almonte i Ramon Caro (sekretarz Santa Anny) zostali wysłani do Stanów Zjednoczonych (formalnie już jako ludzie wolni). Towarzyszyli im teksański wiceprezydent Lorenzo de Zavala i Bailey Hardeman.