Kiedy wybuchła wojna amerykańsko-meksykańska, José Mariano Salas był prezydentem tymczasowym w stosunku do Santa Anny, a Almonte służył jako sekretarz wojny do czasu gdy został zastąpiony przez Valentína Canalizo. W lutym 1847 Almonte i kilku innych Meksykańskich generałów próbowało odsunąć Gomeza Fariasa od władzy, ale ich zamiary spaliły na panewce. Wszyscy zostali aresztowani i uwięzieni na pewien czas w klasztorze Santiago Tlaltelolco.
Po wojnie Almonte był senatorem Oaxaca przez cztery lata, służył wtedy jako reprezentant Meksyku w USA pod prezydentem Santa Anną (w czasie jego ostatniej prezydentury). W 1856 został wyznaczony ministrem do spraw Anglii, Francji i Hiszpanii. Równocześnie Almonte starał się włączyć w promowanie obcej interwencji i monarchicznych planów dla Meksyku. Chciał wstąpić na tron Meksyku. Jego intrygi osiągnęły kulminację w czasie francuskiej interwencji w Meksyku. W 1858 Benito Juárez został wybrany prezydentem Stanów Zjednoczonych Meksyku, by obronić Meksykańską konstytucję ustanowioną 5 lutego 1857. W 1859 podpisał traktat z Hiszpanią, zwany traktatem Mont–Almonte. Traktat zakładał spłacenie długów Meksyku, uprzednio uznawanych za sporne, w zamian za ekonomiczną pomoc przeciw Meksykańskiej Partii Liberałów.