Po zdobyciu wsi Asenowci (obecnie zapora wodna Asenowci), w pobliżu Sliwenu, broniącej dostępu do dawnej bułgarskiej stolicy w Wielkim Tyrnowie, część jej mieszkańców wyemigrowała do regionu jambolskiego, gdzie założyła wieś Wojnika, a w późniejszym okresie uciekła na zachód. W odległości 1 km od obecnego Panagjuriszte doścignął ich sułtański wysłannik, który dał im prawo pozostania w tym miejscu. Druga fala osadników napłynęła do Panagjuriszte po upadku albańskich powstań Skanderbega w XVI wieku – uchodźcy przybywali z terytoriów nadgranicznych (Debyrsko, Prilepsko, Kostursko i innych). thumb|left|200px|Armata powstańców wykonana z drewna czereśniowego (replika) Przez długi czas poszczególne dzielnice nie żyły w zgodzie, a nawet przejawiały jawną wrogość. Z biegiem czasu osada ukształtowała się nad brzegami Łudej Jany i jej dopływów. Obecnie najbardziej przekonującym dowodem takiego przebiegu zasiedlania stanowi mieszana gwara mieszkańców, charakteryzująca się licznymi cechami tak wschodnio- jak i zachodniobułgarskimi (miasto położone jest na tzw. granicy jaci). Jego nazwa pochodzi od starobułgarskiego słowa greckiego pochodzenia панагюр, oznaczającego targ bądź rynek.