Interakcje Zopiklon nasila działanie leków wpływających depresyjnie na ośrodkowy układ nerwowy: neuroleptyków, leków nasennych, anksjolityków, leków przeciwdepresyjnych, opioidów, barbituranów, leków przeciwpadaczkowych, leków znieczulenia ogólnego, leków przeciwhistaminowych działających uspokajająco, a także alkoholu. Działanie zopiklonu mogą nasilać leki hamujące cytochrom P450, takie jak erytromycyna. Ryfampicyna znacznie zmniejsza stężenie zopiklonu we krwi. Atropina zmniejsza stężenie zopiklonu we krwi, metoklopramid je zwiększa. Podczas równoległego podawania z karbamazepiną następuje zwiększenie stężenia zopiklonu i zmniejszenie stężenia karbamazepiny we krwi; stwierdzano addytywne działanie na czynność psychomotoryczną.
Stosowanie w ciąży i laktacji Kategoria B. Nie zaleca się stosowania w ciąży. Jeśli dojdzie do przyjmowania leku w ciąży, u noworodka mogą wystąpić objawy odstawienia. Podawanie leku w III trymestrze lub w okresie porodu wiąże się z ryzykiem wystąpienia zespołu wiotkiego dziecka (ang. floppy infant syndrome), objawiającego się hipotonią, hipotermią, zaburzeniami oddychania i odruchu ssania u noworodka.