miasto zostało zniszczone przez Hunów, lecz przetrwało do V stulecia, a na początku VI wieku, za panowania Justyna I włączone zostało do Cesarstwa Bizantyjskiego.
Wykopaliska Prace archeologiczne prowadzone w ruinach Pantikapajonu odsłoniły duże partie starożytnej zabudowy i murów obronnych, m.in. resztki świątyń i domów mieszkalnych z dekoracją malarską. Znaleziono też liczne wyroby ceramiczne, np. lampki i terakotowe figurki, a także marmurowe rzeźby, drewniane sarkofagi i monety.
Nekropolia Za zachodnim murem miasta ciągnęła się nekropolia kurhanowa. Najstarsze zachowane kurhany pochodzące z połowy V wieku p.n.e. stanowią grobowce zamożnych, należących do warstwy uprzywilejowanej, greckich mieszkańców miasta i zawierają wyłącznie przedmioty pochodzenia greckiego.
Groby z III i IV wieku p.n.e. zawierają pochówki zarówno arystokracji greckiej, jak i miejscowej arystokracji plemiennej, z bogatym wyposażeniem świadczącym o ówczesnym rozkwicie miasta i bogactwie jego mieszkańców. Do najbardziej znanych grobowców z tego okresu należą kurhan Królewski i Kul-Oba.
Kurhany z II i I wieku p.n.e. charakteryzuje skromniejsze wyposażenie, a pochodzące z I-IV wieku n.e.