Średniowiecze Początki miasta sięgają XIII wieku. W 1225 r. na zachodnim brzegu (Nieuwendijk) wybudowano pierwsze drewniane domy, a nieco później (ok. 1250) powstały także zabudowania po wschodniej stronie (Warmoesstraat), między nimi ok. 1250 r. wybudowano śluzę (Dam). W ten sposób powstała zatoka. Wioska padała ofiarą licznych powodzi, co sprawiało, że uprawa ziemi była prawie niemożliwa. W związku z tym mieszkańcy zaczęli zajmować się rybołówstwem i żeglugą, a zatoka szybko przekształcała się w port handlowy.

W 1275 r., gdy Amsterdam znajdował się pod jurysdykcją biskupa Utrechtu, hrabia Holandii Floris V Holenderski przyznał rybakom prawo wolności od podatków. thumb|250px|left|Oude Kerk Oznaczało to, że rybacy z Amsterdamu mogli podróżować i handlować na terenie hrabstwa z licznymi zwolnieniami celnymi. Prawo to miało nie tyle pomóc rybakom, co raczej uderzyć w interesy możnych z Utrechtu, którzy chcieli ograniczyć wpływy hrabiów Holandii i chcieli, aby mieszkańcy znad rzeki Amstel stanęli po ich stronie. Wraz z nowym prawem stało się to mało prawdopodobne – mieszkańcy miasta opowiedzieli się po stronie hrabiego Holandii. W 1296 r. możni utrechccy zamordowali Florisa V i Amsterdam ponownie znalazł się pod panowaniem biskupa Utrechtu. Około 1300 r.