Wydawcy Biblii nieświeskiej wprowadzili jednak bez zgody Szymona Budnego pewne zmiany w tekście Nowego Testamentu. Dlatego Budny, który nie zaakceptował tych zmian, ponownie wydał przekład Nowego Testamentu pod swoim nazwiskiem w drukarni Jana Kiszki w Łosku w 1574 roku. Umieścił w nim 11 razy imię Boże „Jehowa” w Ewangelii według MateuszaTe miejsca to: Mat 1,20; 1,22; 1,23; 2,13; 2,15; 2,19; 4,7; 4,10; 5,35; 22,37; 44 oraz usunął te wzmianki o boskości Jezusa, które uznawał za późniejsze wstawki.
W roku 1589 Szymon Budny wydał, również w Łosku, ostateczne tłumaczenie swojego Nowego Testamentu. Uwzględnił w nim niektóre uwagi krytyków, które nie miały poparcia w dostępnych podówczas manuskryptach. Wydanie to, jako ostatnie za życia tłumacza, należy uznać za ostateczną wersję jego przekładu Nowego Testamentu.
Również nie wszyscy bracia polscy zaakceptowali nowatorskie tłumaczenie Budnego. W roku 1577 w drukarni Aleksego Rodeckiego ukazał się drukiem Nowy Testament tłumaczony przez Marcina Czechowica, który był bardziej konserwatywną odpowiedzią na przekład Budnego (później Budny i Czechowic pogodzili się).