Okupanci niemieccy zamknęli kościół, przerobili go na magazyn modeli kolejowych, a proboszcza Gładysza aresztowali w 1941. W 1945 kościół był zdewastowany, miał wybite okna oraz uszkodzenia ścian i dachu. Ze zniszczeń wojennych świątynię odbudowano przy pomocy parafian w 14 dni i poświęcono 28 marca 1945. Zlecono jednocześnie projekt nowej świątyni Michałowi Preislerowi – architektowi z Nowego Tomyśla. W lipcu 1947 zatwierdziła go rada parafialna i komitet budowy, a 23 października tego samego roku Kuria Arcybiskupia, która, w konsultacji z Władysławem Czarneckim, zleciła wiele poprawek. Kościół ten miał mieć 650 m² i pomieścić miał 2600 osób. W formie posiadał nawiązania do stylu neoromańskiego, ale był dość skromny w wyrazie (dzielnica robotnicza). Projekt nie otrzymał akceptacji miejskiej Komisji Architektonicznej, której referentem był Jerzy Tuszowski. Zarzucono mu słabe opracowanie, a także błędne rozwiązania przestrzenne i funkcjonalne.