Po wybuchu II wojny światowej zakłady przejął okupant. Wydajność produkcji była niska, gdyż akty sabotażu i konspiracyjna działalność załogi skutecznie osłabiały funkcjonowanie przedsiębiorstwa. Po wyzwoleniu pracownicy obu fabryk uruchomili produkcję. Już w 1947 roku rozpoczęto nowe inwestycje, a następnie w 1949 roku fabryka drożdży została połączona z zakładami ziemniaczanymi, tworząc Lubońskie Zakłady Przemysłu Spożywczego. Okres od 1956 do 1964 roku to czas wzrostu produkcji i kolejnej rozbudowy. Powstało zaplecze surowcowe, zmodernizowano poszczególne oddziały i wprowadzono nowe technologie. Wytwarzano m.in.: mączkę ziemniaczaną, syrop, kleje, dekstryny, słód, drożdże i krochmal pszenny. W 1970 roku powstało Wielkopolskie Przedsiębiorstwo Przemysłu Ziemniaczanego, największy tego typu zakład w Polsce. Rok 1972 wpisał się w historię WPPZ dramatem, jakim był wybuch na oddziale produkcji dekstryn. Zginęło wtedy 18 osób, których pamięć uczczono postawionym na miejscu katastrofy pomnikiem. Następne lata to okres dynamicznego rozwoju WPPZ. Wprowadzone zmiany technologiczne pozwalały sprostać normom ekologicznym.