W 1668 roku zgromadzenie podniesiono do rangi konwentu, a jego przełożonym (gwardianem) został ojciec Jerzy Lipski.
Przed 1752 powstała w obrębie konwentu kalwaria, zaś w 1754 umieszczono pośrodku niej wieżę zegarową. Po powstaniu styczniowym w 1864 roku zabudowania przeszły we władanie skarbu państwa i znajdowały się w nich urzędy miejskie. W 1925 r. w budynkach należących do kościoła znajdowała się szkoła rzemieślniczo-przemysłowa, później także internat tej szkoły. Do 1864 r. kościół był własnością Zakonu Bernardynów. Od tego roku opiekę, nad kościołem i klasztorem sprawowała diecezja. W 1927 r. kościół poklasztorny został przekazany miejscowej parafii.
W przeszłości kościół był miejscem kilku ważnych wydarzeń; m.in. w 1831 r. bronili się tutaj Czwartacy. W latach 1915–1917 budynek kościoła służył za szpital wojskowy.
W nocy z 13 na 14 marca 1989 r. wskutek pożaru wnętrze kościoła uległo znacznemu zniszczeniu. Został on jednak zrekonstruowany i doprowadzony do pierwotnego stanu w ciągu kilku latHistoria parafii i kościoła na stronie diecezji łomżyńskiej.. Jednak wyjątkowych walorów artystycznych barokowy portret Gocłowskiego uległ zniszczeniu, obecnie jest znany jedynie z reprodukcji.