rzadkimi gatunkami roślin i zwierząt Mały Borek leśny 90,53 typy boru sosnowego z domieszką świerka Perkuć leśny 209,82 bór świerkowo-sosnowy Pomorze leśny 20,45 drzewostan Puszczy Augustowskiej oraz grodzisko Stara Ruda florystyczny leśno-torfowiskowy 83,15 źródliska Rudawki, łęg jesionowo-olszowy, bór torfowcowy Starożyn leśny 298,43 różne rodzaje drzewostanów Puszczy Augustowskiej Tobolinka wodny 4,32 jezioro dystroficzne z pływającymi wyspami Wilkołuk leśny 104,02 torfowiska soligeniczne i nakredowe oraz zróżnicowane lasy i bory bagienne i wilgotne
Na Równinie Augustowskiej znajdują się również częściowo Wigierski Park Narodowy i obszary chronionego krajobrazu: Dolina Rospudy, Puszcza i Jeziora Augustowskie. Równina leży w obrębie obszaru specjalnej ochrony ptaków „Puszcza Augustowska” i obszaru mającego znaczenie dla Wspólnoty „Ostoja Augustowska”, będących częściami sieci Natura 2000.
Sieć wodna Przez równinę przepływają m.in. rzeki Czarna Hańcza, Netta i Rospuda oraz Kanał Augustowski. Na jej obszarze znajdują się liczne jeziora. Największe z nich to: Wigry (w granicach równiny leży południowa część), Sajno, Białe Augustowskie, Necko, Serwy, Kalejty, Studzieniczne.