Obawy prezydenta wykorzystywało lobby wywodzące się z jego rodzimej prowincji Bururi (Banyabururi), które popychało dyktatora do działań przeciwko innym frakcjom wewnątrz elity Tutsi, podejrzewanym o sympatie monarchistyczneChodziło tu przede wszystkim o polityków Tutsi wywodzących się z podgrupy Tutsi-Banyaruguru – cieszącej się tradycyjnie wyższym statusem społecznym niż rządzący Tutsi-Hima – oraz o frakcję wewnątrz rządzącej elity grupującą polityków Tutsi pochodzących z prowincji Muramvya (Banyamuramvya). Patrz: ..
Na niwie polityki wewnętrznej i zagranicznej Micombero był zwolennikiem „afrykańskiego socjalizmu”. W okresie jego rządów Burundi nawiązało bliską współpracę z maoistycznymi Chinami.
Wiosną 1972 roku, z powodu nieustannych doniesień o prawdziwych bądź urojonych spiskach, Burundi znalazło się praktycznie na skraju anarchii. W kwietniu 1972 radykalni politycy Hutu wywołali z pomocą kongijskich najemników zbrojne powstanie w południowych prowincjach kraju. Zostało ono jednak szybko stłumione przez rządową armię, m.in. dzięki pomocy której reżimowi Micombero udzielił dyktator Zairu, Mobutu Sese Seko. Represje wobec sympatyków rebelii przekształciły się w planową i systematyczną eksterminację elity społecznej Hutu. Od końca kwietnia do września 1972 zamordowano w Burundi od 100 tys. do 300 tys.