Przez Dolinę Waksmundzką płynie Waksmundzki Potok, wpływający do Białki w pobliżu Palenicy Białczańskiej. Na wysokości około 1400 m n.p.m. znajduje się na nim wodospad Młyn o wysokości 15 metrów.
Dolina jest niedostępna dla turystów (ścisły rezerwat przyrody), tylko w dolnej jej części, na wysokości 1250 m n.p.m. przebiegają znakowane szlaki turystyczne z Rusinowej Polany i Równi Waksmundzkiej do Roztoki, a u jej wylotu przebiega szosa w kierunku Morskiego Oka – droga Oswalda Balzera. Kiedyś doliną poprowadzony był znakowany szlak na Krzyżne. Po zbudowaniu obecnie używanych ścieżek stracił na znaczeniu, a następnie przestał istnieć.
Nazwa doliny związana jest z podhalańską wsią Waksmund, której własnością była Hala Waksmundzka. W dawniejszych czasach dolina była nazywana także Doliną Zbójnicką, ponieważ stanowiła częste siedlisko i schronienie zbójników.
Szlaki turystyczne Dolną część doliny przecina kilka szlaków: Toporowa Cyrhla – Psia Trawka – Rówień Waksmundzka – Polana pod Wołoszynem – Wodogrzmoty Mickiewicza do Morskiego Oka. Czas przejścia z Toporowej Cyrhli na Rówień Waksmundzką: 2:10 h, ↓ 1:45 h Czas przejścia z Równi Waksmundzkiej do Wodogrzmotów: