26 stycznia 2006 kandydatura Fajjada do objęcia stanowiska premiera Autonomii Palestyńskiej została wysunięta zarówno przez Fatah jak i przez zwycięski Hamas. Fajjad przyjął propozycję, przedstawił jednak kilka swoich warunków. Jednym z nich było uznanie przez Hamas państwa Izrael. Wskutek odmowy spełnienia tego postulatu przez Hamas, Fajjad nie objął ostatecznie stanowiska szefa rządu.
18 marca 2007 Fajjad objął po raz drugi funkcję ministra finansów w nowym rządzie jedności narodowej Isma’ila Hanijji, uformowanym przez Hamas i Fatah. Między dwoma ugrupowaniami doszło jednak do konfliktu, który 7 czerwca 2007 przerodził się w walki zbrojne"Hamas launches new Gaza attacks", BBC News, 12 czerwca 2007.. W wyniku tygodniowych walk Hamas przejął całkowitą kontrolę nad Strefą Gazy. Pod władzą Fatahu pozostał tylko Zachodni Brzeg"Hamas controls Gaza, says it will stay in power", CNN.com, 14 czerwca 2007..