administracja kolonialna była coraz bardziej nieprzechylna PDCI, zwłaszcza po tym gdy komuniści francuscy weszli w skład opozycji. W październiku 1950 roku Houphouët-Boigny postanowił zreorganizować ruch – zerwał z komunistami i nawiązał współpracę z administracją kolonialną. W okresie od 1956 do 1960 roku dzielił swój czas pomiędzy Francję (gdzie był członkiem Zgromadzenia Narodowego i ministrem) a Wybrzeżem Kości Słoniowej (był burmistrzem Abidżanu i liderem partii).
W 1959 został premierem rządu Wybrzeża Kości Słoniowej i pierwszym prezydentem niepodległego kraju. W 1960 ponownie wybrany prezydentem. Reelekcję uzyskał w 1965, 1970, 1975, 1980, 1985 i 1990. Przybrał orientację kapitalistyczną, a w polityce zagranicznej prowadził współpracę z krajami które przyjęły podobny kurs. Ściśle współpracował z Francją (przez co uchodził za promotora francuskiego neokolonializmu). Występował przeciwko lewicowym rewolucyjnym ruchom afrykańskim i był krytykowany przez kontynentalnych przywódców za bliskie stosunki dyplomatyczne z RPAHasło Wybrzeże Kości Słoniowej w: Wielka Encyklopedia Polonica, 2000.. Wspólnie z Maurice’em Yameogo – prezydentem Górnej Wolty – planował połączenie obu państw, jednak projekt ten nigdy nie doczekał się realizacji.