Życiorys W latach 70. pracowała w Pracowni Szkół Eksperymentalnych w Instytucie Badań PedagogicznychOd 1990 roku działa pod nazwą Instytut Badań Edukacyjnych. W ramach tej pracy objęła m.in. kierownictwo zespołu badawczego, który w roku szkolnym 1974/75, na zlecenie Ministerstwa Oświaty i Wychowania, rozpoczął w Szkole Podstawowej nr 5 w Puławach eksperyment pedagogiczny, którego przedmiotem były metody, formy i organizacja pracy z uczniem zdolnym w przyszłej szkole dziesięcioletniej.
Później kierowała autorską szkołą LX Liceum Ogólnokształcącym w Warszawie. Liceum jako pierwsze wprowadzało wiele nowości, np. w 1982 tzw. szkoły zimowe uczące jazdy na nartachźródło: https://web.archive.org/web/20051227181457/http://www.21slo.pol.pl/szk_zimw.htm albo Klub Promocji Talentów. Wokół tej szkoły zbudowała w 1983 pierwszą swoją organizację pozarządową, elitarne Towarzystwo Szkół Twórczych, którego opiekunem naukowym i motorem była przez wiele lat. Na początku lat 90. rada pedagogiczna LX LO zrezygnowała z realizacji eksperymentu edukacyjnego dr Danuty Nakonecznej, co spowodowało odejście jej i niektórych innych nauczycieli ze szkoły.