Nazwa hrabstwa została nadana na cześć Johna Hancocka, jednego z twórców Deklaracji Niepodległości i pierwszego gubernatora Wspólnoty Narodów w Massachusetts.
Pierwszy budynek sądu został postawiony w Montebello, na skraju rzeki Missisipi między miastami Warsaw i Nauvoo. Obecnie już nie istnieje, lecz w miejscu budynku widnieje pamiątkowa płyta umieszczona przez Towarzystwo Historyczne Hrabstwa Hancock. W 1833 na Ogólnym Zgromadzeniu stanu Illinois uchwalono obecną siedzibę administracji hrabstwa, miasto Carthage. Pierwszy budynek sądu w tym mieście został zbudowany w 1833 w południowej jego części, obecnie przeznaczony jest do innych celów. Drugi budynek sądu został zbudowany w centrum miejscowości w 1839 przez Stephana Mosesa.
W latach 1840 Hrabstwo Hancock miało najbardziej zaludnione miasto w stanie Illinois: Nauvoo, które było centralnym ośrodkiem mormońskiego Kościoła Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich. Przywódca kościoła Joseph Smith Jr. (1805 – 1844) w roku 1844 został zamordowany w stolicy hrabstwa – Carthage.
W hrabstwie swoją siedzibę miała utopijna społeczność Icarians pod przewodnictwem Emile Baxter, która przybyła do Nauvoo w 1849.