W trakcie jego pierwszej kadencji doszło do uchwalenia przez Sejm ustawy o współfinansowaniu budowy Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego z budżetu państwa. Franciszek Ziejka w 1996 został członkiem Wydziału I Filologicznego Polskiej Akademii Umiejętności. Był również członkiem polskiego PEN Clubu.
W 2005 objął funkcję przewodniczącego Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (SKOZK). W 2009 był inicjatorem umieszczenia Panteonu Narodowego w podziemiach kościoła Świętych Apostołów Piotra i Pawła przy ul. Grodzkiej w Krakowie.
Pierwsze publikacje, poświęcone tematyce kulturalnej, zamieszczał w wydawanym w Krakowie tygodniku „Wieści”. Jego debiutem naukowym była rozprawa drukowana w „Pamiętniku Literackim” pt. Kraszewski i Muzeum Narodowe Polskie w Raperswilu (1966). W następnych latach był autorem i redaktorem licznych publikacji naukowych, m.in. W kręgu mitów polskich (1977, drukowana wersja rozprawy doktorskiej), Złota legenda chłopów polskich (1984, drukowana wersja dysertacji habilitacyjnej), Paryż młodopolski (1993), Poeci, misjonarze, uczeni. Z dziejów kultury i literatury polskiej (1998). Napisał również kilka sztuk teatralnych zaprezentowanych przez Teatr Faktu Telewizji Polskiej, m.in. Narodziny legendy (1988), Polski listopad (1989), Traugutt (1991).