Zarówno krajowa, jak i międzynarodowa pozycja Dukli w końcu lat 80. była nieco słabsza, jednak czołowy napastnik klubu Milan Luhový dwukrotnie został królem strzelców ligi – w 1988 i 1989 r.
Najsłynniejszymi graczami Dukli tego okresu byli: Ivo Viktor, Ladislav Vízek, Zdeněk Nehoda, František Štambachr, Stanislav Pelc, Miroslav Gajdůšek, Luděk Macela, Karel Stromšík, Jan Fiala i Milan Luhový.
Kryzys lat 90. Jeszcze w 1990 r., po aksamitnej rewolucji, która obniżyła znaczenie armii, Dukla wygrała Puchar Czechosłowacji rozstrzygając trzy z ostatnich czterech spotkań rzutami karnymi. W następnym roku wyeliminowana została z Pucharu Zdobywców Pucharów w II rundzie przez Dynamo Kijów. Od początku lat 90. nastały dla klubu ciężkie czasy. Główni rywale, jak Sparta Praga, bez trudu znajdowali bogatych sponsorów. Dukla natomiast z powodu swej komunistycznej przeszłości miała z tym bardzo duże problemy. Klub pozostał w pierwszej lidze po rozwiązaniu Czechosłowacji. W sezonie 1993/94 Dukla wygrała tylko jeden mecz i z przyczyn finansowych spadła od razu aż do III ligi. Był to pierwszy spadek Dukli z I ligi w historii klubu. Najlepszymi graczami Dukli w tym okresie byli m.in.: Pavel Nedvěd, Karel Rada i Günter Bittengel.
Fuzja z FC Portal Przybram