Pierwszym szefem Sztabu Lotnictwa został generał Kentarō Uemura, który pełnił tę funkcję od 3 lipca 1956 do 22 sierpnia 2013 roku, kiedy funkcję tę przejął czterogwiazdkowy generał Harukazu Saitō. Podlega on bezpośrednio ministrowi obrony, który sprawuje kontrolę cywilną.
Biuro Sztabu Lotnictwa odpowiada za sprawy personalne, szkoleniowe i techniczne. Składa się z pięciu wydziałów: szkolenia personelu, obrony, wsparcia operacyjnego i wywiadu oraz planowania wyposażenia oraz trzech stanowisk samodzielnych: generalnego inspektora nadzoru, głównego inspektora do spraw prawnych i głównego inspektora do spraw zdrowia. Szefowie sztabów wszystkich rodzajów samoobrony wchodzą w skład utworzonego w marcu 2006 roku Biura Połączonego Sztabu, pełniącego funkcje dowództwa operacyjnego, także podlegającego ministrowi obrony.