Po przetransportowaniu w grudniu 1918 4 Dywizji Strzelców do Odessy i jej reorganizacji został dowódcą 14 pułku strzelców, od marca 1919 zastępca dowódcy dywizji, generała Lucjana Żeligowskiego.
Wraz z dywizją poprzez Besarabię, Bukowinę przybył w połowie czerwca 1919 do Galicji Wschodniej. Uczestniczył w końcowej fazie wojny polsko-ukraińskiej, następnie w wojnie polsko-bolszewickiej. Od lipca 1919 do lutego 1920 dowodził XX Brygadą Piechoty, a od 1 marca do 10 września 1920 XIX Brygadą Piechoty. 28 września 1920 objął dowództwo 10 Dywizji Piechoty i sprawował je do 15 lipca 1927. 3 maja 1922 został zweryfikowany w stopniu pułkownika ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919, a 31 marca 1924 awansowany na generała brygady ze starszeństwem z dniem 1 lipca 1923 i 20. lokatą w korpusie generałów. Od lipca 1927 do września 1934 był dowódcą Okręgu Korpusu IV w Łodzi. Zarówno w dywizji, jak i w DOK jego adiutantem był kpt. Kazimierz Czyhiryn. Od 31 grudnia 1934 Stanisław Małachowski w stanie spoczynku – osiadł w Łodzi.
Od stycznia 1924 do stycznia 1925 był prezesem Łódzkiego Okręgowego Związku Piłki NożnejMariusz Goss, Bożena Lidia Szmel, Łódzki OZPN. 80 lat. 1920–2000. Ludzie, fakty, kluby, wyd. gia, Katowice 2000, s.