W związku z zapełnianiem się jego przestrzeni grobami, władze kościelne i miejskie kilkakrotnie dokupowały ościenne tereny poszerzając go (m.in. w latach 1853, 1870, 1899 i przed II wojną światową). Około 1825 założono sąsiadującą z cmentarzem rzymskokatolickim część ewangelicko-augsburską, a po 1840 część grecko-unicką (obecnie znaną jako cmentarz prawosławny). W 1915 część cmentarza rzymskokatolickiego została wykorzystana przez władze austriackie jako miejsce pochówku żołnierzy i w następnych latach z części tej utworzono osobny cmentarz, zwany obecnie wojskowo-komunalnym. W wojskowej części cmentarza znajdują się też groby komunistów i działaczy PZPR. Na terenie zespołu cmentarzy przy ul. Lipowej w Lublinie znajdują się trzy kaplice: pw. Wszystkich Świętych w części rzymskokatolickiej, pw. Niewiast Niosących Wonności w części prawosławnej oraz kaplica na cmentarzu wojskowo-komunalnym. W 2005 w części ewangelicko-augsburskiej oddano do użytku pierwsze na Lubelszczyźnie kolumbarium.