Mogą być one pozostałościami jaj lub nasion zjedzonych przez tego dinozaura.
Klasyfikacja Autorzy pierwotnego opisu jinfengopteryksa uznali go za najbardziej bazalnego przedstawiciela Avialae, należącego do rodziny Archaeopterygidae. W swojej kolejnej wydanej w 2007 pracy dalej uznawali go za przedstawiciela tej rodziny, jednak nie wykonali analizy filogenetycznejJi S., and Ji, Q. (2007). „Jinfengopteryx compared to Archaeopteryx, with comments on the mosaic evolution of long-tailed avialan birds.” Acta Geologica Sinica (English Edition), 81(3): 337-343.. Luis Chiappe stwierdził, że jinfengopteryks ma więcej cech wspólnych z troodontami niż archeopteryksem. Z powodu ich obecności większość badaczy uważa tego teropoda za przedstawiciela TroodontidaeChiappe, L.M. Glorified Dinosaurs: The Origin and Early Evolution of Birds. Sydney: UNSW Press.. W 2006 Xu i Norell na podstawie kilku cech takich jak budowa zębów czy ogólna budowa ciała zasugerowali, że Jinfengopteryx jest troodontemXu and Norell (2006). „Non-avian dinosaur fossils from the Lower Cretaceous Jehol Group of western Liaoning, China.” Geological Journal, 41(3-4): 419-437.. W 2007 Turner w swojej analizie dotyczących wczesnych ptaków, dromeozaurów i troodontów stwierdził, że ów maniraptor jest troodontem.