Natomiast pod względem administracyjnym i finansowym podlegała Ministerstwu Spraw Wewnętrznych.
1 listopada w miejscowości Bjelovar została utworzona Centralna Szkoła Żandarmerii (Centralna oružnička škola) podzielona na trzy bataliony. Powstała ona na bazie niewielkiej szkoły żandarmerii istniejącej wcześniej w Sremskiej Kamenicy w Sremie. Szkolenie trwało 2 lata. Ogółem ukończyło ją ok. 800 podoficerów i ok. 400 dowódców patroli. Część żandarmów przechodziła jeszcze szkolenie w Niemczech lub we Włoszech. Komendantem Szkoły był płk Krešimir Pavelić, a następnie płk Antun Magaš.
18 stycznia 1943 r. Żandarmerię NDH podporządkowano nowo utworzonemu Ministerstwu Formacji Zbrojnych, a w lutym 1944 r. – Ministerstwu Spraw Wewnętrznych. Jej organizacja wyglądała wówczas następująco: dowództwom żandarmerii podlegały dowództwa dystryktów (22 dystrykty i miasto Zagrzeb), obejmujące 78 oddziałów żandarmerii w sile kompanii, na dole znajdowały się dowództwa lokalne z 906 posterunkami żandarmerii. Pułki żandarmerii były odpowiedzialne za patrolowanie podległego terenu, zwalczanie propagandy czetnickiej i komunistycznej wymierzonej przeciwko władzom NDH oraz utrzymywanie porządku i prawa wśród ludności cywilnej. W rzeczywistości prowadzono też ciężkie walki, głównie z komunistami.