W sezonie 1988 tytuł mistrza świata wrócił do kierowcy McLarena, wyposażonego w nowe silniki Hondy – tym razem jednak tytuł trafił do nowego partnera Prosta, Ayrtona Senny, który przybył do zespołu z Lotusa. Sezon został całkowicie zdominowany przez McLarena, którego kierowcy wygrali wszystkie wyścigi sezonu poza GP Włoch. Prost zdobył wprawdzie więcej punktów, jednak do ogólnej klasyfikacji liczyło się tylko 11 najlepszych wyścigów. W kolejnym sezonie kierowcy zamienili się rolami i to Prost został mistrzem. Sytuacja w McLarenie była jednak bardzo napięta – kierowcy bardzo się nie lubili (np. podczas GP Japonii Francuz zajechał drogę Sennie, w wyniku czego obaj nie ukończyli wyścigu, i co pozbawiło Brazylijczyka wszelkich szans na tytuł). Prost odszedł po sezonie do Ferrari.
W kolejnym sezonie Senna po raz drugi zdobył tytuł mistrza świata. McLaren był jeszcze na tyle dobry, że poza Prostem nikt mu nie zagrażał. Tym razem Brazylijczyk zrewanżował się za poprzedni sezon Prostowi i to on wjechał w niego podczas GP Japonii, co ostatecznie pozbawiło Francuza szans na tytuł. W sezonie 1991 zadebiutował na torze Spa w GP Belgii w barwach Jordana także przyszły siedmiokrotny mistrz świata Michael Schumacher, mistrzem zaś ponownie został Senna.