Vs. i Vitalogy Od zespołu odszedł dotychczasowy perkusista, którego zastąpił Dave Abbruzzese. Na okres wydania Vs. przypadły kłopoty z Ticketmasterem – firmą organizującą koncerty. Długo trwający proces zespół przegrał, a dodatkową stratą był brak możliwości organizowania wielkich koncertów w czasie trwania postępowania. Kolejna płyta Vitalogy rozpoczyna okres eksperymentów zespołu. Utwory takie jak Bugs, Aye Davanita czy Hey, Foxymophandlemama, That's Me zrywają z dotychczasową grunge'ową konwencją i stanowią częściowo zapowiedź drogi, którą w przyszłości podąży zespół. Na płycie znajduje się utwór Immortality, który jest najprawdopodobniej poświęcony Kurtowi Cobainowi (wokaliście Nirvany), a właściwie jego śmierci.
No Code Wydana w roku 1996 płyta No Code może być traktowana jako przełomowy moment w historii Pearl Jam. Nagrana w całości z nowym perkusistą, Jackiem Ironsem, jest bardzo różnie odbierana przez fanów. Dynamiczne, agresywne, grunge'owe utwory w rodzaju Habit czy Lukin kontrastują na niej ze spokojnymi, wyciszonymi kompozycjami takimi jak Off He Goes, Present Tense i Who You Are.