Filozofia W młodości Huet był zwolennikiem Kartezjusza. Jak jednak sam wskazał w swoich wspomnieniach (Mémoirs, 1718) odszedł od kartezjanizmu stając się jego znanym krytykiem. Huet wskazywał, że roszczenia fundacjonalistyczne tego nurtu nie mają podstaw i Kartezjuszowi nie udało się ustalić bezspornej podstawy ludzkiej wiedzy. Huet nie zgadzał się też z radykalizacją, jaka spotkała kartezjanizm po śmierci jego twórcy. W Poszukiwaniu prawdy (De la recherche de la vérité, 1674-1675) Nicolas Malebranche dokonał ostrej krytyki nauk humanistycznych oraz wywodzonej z ksiąg czy opartej na tradycji wiedzy. Zaatakował też Samuela Borcharta, z którym przyjaźnił się Huet. Huet, filolog, badacz i miłośnik ksiąg i wiedzy w typie antykwarycznym, nie mógł zaakceptować tego stanowiska i wypracował wpływową krytykę kartezjanizmu i jego epistemologii opartej na czystym rozumie. Huet wskazywał, że nie jest możliwe uprawomocnienie wiedzy wyłącznie w oparciu o ahistoryczny rozum. Rozum nie może działać samodzielnie, lecz wymaga wsparcia zarówno wiary, jak i tradycji (u Hueta jest to tradycja katolicka). Stanowisko to Huet wyraził w dwóch pracach Censura philosophiae cartesianae (1689) oraz Alnetanae questiones concordia rationis et fidei (1690).