Pracę naukowo-badawczą rozpoczął w 1959 roku. Stopień naukowy doktora nauk weterynaryjnych uzyskał w 1965 roku na Wydziale Weterynaryjnym Akademii Rolniczej w Lublinie, a stopień doktora habilitowanego w 1973 roku na Wydziale Akademii Rolniczo-Technicznej w Olsztynie. Tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego uzyskał w 1988 roku. Jest promotorem trzech prac doktorskich, recenzentem czterech dysertacji doktorskich, trzech rozpraw habilitacyjnych, ponadto recenzował dwa wnioski o nadanie tytułu profesora oraz kilka krajowych projektów badawczych.
Po utworzeniu w 1975 roku jedynego w Polsce Oddziału Weterynaryjnej Ochrony Produkcji Zwierzęcej, Rutkowiak zajął się prawie wyłącznie diagnostyką chorób, profilaktyką i lecznictwem stad bydła mlecznego. W okresie rozkwitu Oddziału wyniki kompleksowych badań dotyczyły 380 stad bydła. Wykonywano setki tysięcy badań hematologicznych, biochemicznych krwi, pasz oraz kompleksowych badań wskaźników zoohigienicznych.