Status, zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje czaplę siwą za gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern) nieprzerwanie od 1988 roku. W 2015 roku liczebność światowej populacji, według szacunków organizacji Wetlands International, mieściła się w przedziale około 790 000 – 3 700 000 osobników. Globalny trend liczebności populacji nie jest znany. Dawniej, zwłaszcza w Europie, była dotkliwie prześladowana. Obecnie jest niezagrożona i szeroko rozprzestrzeniona.
W Polsce gatunek objęty jest częściową ochroną gatunkową. Na Czerwonej liście ptaków Polski został sklasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC). W latach 2013–2018 liczebność krajowej populacji lęgowej szacowano na 9000–9500 par. W niektórych miejscach w Polsce liczebność populacji spada przez niszczenie kolonii lęgowych.
Śmiertelność piskląt bywa ogromna, zwłaszcza wtedy, gdy ludzie lub drapieżne ptaki (np. bielik) niepokoją kolonie lęgowe. Pisklę, które wypadnie z gniazda, nie ma szans na przeżycie. W większości kolonii podłoże jest nie tylko oblepione kałem, ale także usłane resztkami piskląt zjedzonych przez drapieżniki. Wiele młodych czapli ginie w czasie zim, nieustannie krążąc wzdłuż rzek w poszukiwaniu pokarmu.