W 2005 roku przeszedł do Jadaru Radom, występującego w I lidze (zaplecze ekstraklasy). Przez prawie całe rozgrywki radomianie zajmowali pozycję lidera, z której przystępowali do meczów play-off. Pod wodzą Grzegorza Wagnera Pęcherz z zespołem w 27 spotkaniach zaliczył 23 zwycięstwa. Z tą drużyną gracz awansował do finału rozgrywek. W decydującym meczu pokonał BKS Delecta-Chemik Bydgoszcz 3:2 i tym samym wywalczył awans do Polskiej Ligi Siatkówki. W tej edycji zmagań był najskuteczniejszym graczem radomskiego zespołu.
W kolejnym sezonie w inauguracyjnej kolejce ekstraklasy radomianie ulegli obrońcy tytułu mistrza Polski, BOT Skrze Bełchatów 0:3. W 2. serii spotkań Pęcherz z radomskim zespołem pokonał we Wrocławiu miejscową Gwardię w trzech setach. Przez kilka meczów Jadar plasował się na ostatnim miejscu. Po rundzie zasadniczej zajął 7. pozycję. Tę samą lokatę wywalczył po rozgrywkach play-off.
Podczas przerwy rozgrywek klubowych o Sebastiana Pęcherza starała się Skra Bełchatów. O pozostaniu zawodnika w Radomiu zadecydowało m.in. przejście do bełchatowskiej drużyny francuza Stéphane'a Antigi i Michała Bąkiewicza. Przed sezonem został wybrany kapitanem radomskiego zespołu.