Spełnia się także jako kompozytor muzyki teatralnej.
Nagrał ponad 150 płyt z różnymi wykonawcami w tym kilkanaście autorskich. Na jego solowych płytach zagrali m.in. Chris Potter, Clarence Penn, Grégoire Maret, Mino Cinelu, Manuel Valera, Anna Maria Jopek, Leszek Możdżer czy Adam Pierończyk. Spośród muzyków, z którymi grał i nagrywał, warto wymienić takie postaci, jak: Tomasz Stańko, Adam Holzman, Marcus Miller, Hadrien Feraud, Sugar Blue, Henryk Miśkiewicz, Janusz Muniak, Tomasz Szukalski, Jan Ptaszyn Wróblewski, a także Pat Metheny, Richard Bona, Ivan Lins, Dhafer Youssef, Gonzalo Rubalcaba. Koncertował w Japonii, USA, Meksyku, Brazylii, Kanadzie, Indonezji, Chinach, Rosji i większości krajów Europy.
W latach 1993–2004 Marek Napiórkowski był współliderem elektrycznej grupy Funky Groove, która dwukrotnie została uznana Elektrycznym Zespołem Roku w ankiecie pisma Jazz Forum. W latach 2017–2019 roku prowadził autorską audycję „Dźwięki nieoczywiste” na antenie radia Chillizet, a obecnie jest gospodarzem audycji „Napiór w eterze” na antenie Radia Nowy Świat.