11 października 1993 zarejestrowane zostało w Gdyni stowarzyszenie mające na celu propagowanie twórczości artystycznej Krzysztofa Klenczona. Była to inicjatywa trzech miłośników jego muzyki: Adama Jarzębińskiego, Wiesława Wilczkowiaka i Krzysztofa Arsenowicza. Pierwotna nazwa to „Stowarzyszenie Miłośników Muzyki Krzysztofa Klenczona”, obecna: Stowarzyszenie Muzyczne „Christopher” im. Krzysztofa Klenczona.
Jedna z warszawskich ulic w dzielnicy Bielany na Radiowie nosi imię Krzysztofa Klenczona. Jedną z ulic w centrum Pułtuska nazwano Bulwarem Krzysztofa Klenczona. Nazwiskiem Klenczona nazwano także ulice w Sopocie i Białogardzie. Krzysztof Klenczon jest też patronem Publicznego Gimnazjum w Dźwierzutach oraz sali koncertowej w Wieliszewie.
Jeden z gdańskich tramwajów (nr taborowy 1039) nosi imię artysty.
W Pułtusku od 2017 znajduje się jedyna w Polsce grająca ławka poświęcona artyście.
Narodowy Bank Polski w 2020 wydał upamiętniającą Krzysztofa Klenczona srebrną monetę kolekcjonerską o nominale 10 złotych należącą do serii „Historia polskiej muzyki rozrywkowej”.