Podzamcze zostało zajęte przez czeskie wojska zaciężne w służbie zakonu (załoga polska na zamku poddała się dopiero w 1462). Ziemie i zamek wróciły pod panowanie polskie po pokoju toruńskim w 1466Bohdan Guerquin, Zamki w Polsce, Arkady, Warszawa 1984, s.116.. Załoga czeska, pod wodzą Bernarda Szumborskiego opuściła zamek dopiero w 1479 roku (Krzyżacy zalegali z żołdem, oddziały czeskie zajmowały zamek żądając spłaty zobowiązań. Miało to miejsce dopiero w 1478).
Pierwszym starostą króla polskiego został Wincenty ze Skępego. W latach 1485–1604 ziemie brodnickie znajdowały się w rękach rodu Działyńskich. Najpomyślniejszy okres dla miasta miał miejsce podczas pobytu na zamku Anny Wazówny, siostry Zygmunta III Wazy, która w 1604 roku otrzymała w posiadanie starostwa golubskie i brodnickie. Podczas jej życia nastąpił szybki rozwój tych regionów. Po jej śmierci (6 lutego 1625 na brodnickim zamku) rozpoczął się okres konfliktów zbrojnych niszczących gospodarkę.
mały|centruj|600px|Brodnica w latach 1738–1745 z widocznym zamkiem. Rysunek Georga Friedricha Steinera.